Khởi nghiệp từ năm 1989, sau đại hội Đảng lần thứ VI, nền kinh tế đất nước chuyển từ cơ chế bao cấp sang nền kinh tế thị trường theo định hướng XHCN, mô hình kinh tế HTX kiểu cũ thật sự khó khăn và lâm vào tình thế khủng hoảng phải giải thể hàng loạt. Trong bối cảnh như thế, ngày 12/5/1989 - UBND Thành phố Hồ Chí Minh có chủ trương chuyển đổi Ban Quản lý HTX Mua Bán Thành phố trở thành Liên hiệp HTX Mua bán Thành phố Hồ Chí Minh - Saigon Co.op với 2 chức năng trực tiếp kinh doanh và tổ chức vận động phong trào HTX. Saigon Co.op là tổ chức kinh tế HTX theo nguyên tắc xác lập sở hữu tập thể, hoạt động sản xuất kinh doanh tự chủ và tự chịu trách nhiệm.
Từ năm 1992 - 1997, cùng với sự phát triển của nền kinh tế đất nước, các nguồn vốn đầu tư nước ngoài vào Việt Nam làm cho các Doanh nghiệp phải năng động và sáng tạo để nắm bắt các cơ hội kinh doanh, học hỏi kinh nghiệm quản lý từ các đối tác nước ngoài. Saigon Co.op đã khởi đầu bằng việc liên doanh liên kết với các công ty nước ngoài để gia tăng thêm nguồn lực cho hướng phát triển của mình. Là một trong số ít đơn vị có giấy phép XNK trực tiếp của Thành phố, hoạt động XNK phát triển mạnh mẽ mang lại hiệu quả cao, góp phần xác lập uy tín, vị thế của Saigon Co.op trên thị trường trong và ngoài nước.
Sự kiện nổi bật nhất là sự ra đời siêu thị đầu tiên của hệ thống siêu thị Co.opmart là Co.opmart Cống Quỳnh vào ngày 09/02/1996, với sự giúp đỡ của các phong trào HTX quốc tế đến từ Nhật, Singapore và Thụy Điển. Từ đấy loại hình kinh doanh bán lẻ mới, văn minh phù hợp với xu hướng phát triển của Thành phố Hồ Chí Minh đánh dấu chặng đường mới của Saigon Co.op.